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自元朝始，中央政权始终对西藏行使着有效管辖。
朱元璋将元朝打跑后，也继承了元朝对西藏的主权，朱元璋派遣官员持诏谕前往西藏，着令各部归顺明朝。
明朝先后在西北藏区设立洮、河、岷、西宁四卫，在今甘、青、川部分藏区以及卫、藏地区设置“朵甘卫”
和“乌思藏卫”
。
洪武七年，复于河州设置“西安行都指挥使司”
，同时升“朵甘卫”
为“朵甘行都指挥使司”
，升“乌思藏卫”
为“乌思藏行都指挥使司”
。
同时分别任命管招兀即儿和锁南兀即儿为乌思藏、朵甘都指挥使司同知，并赐银印。
后又升“行都指挥使司”
为“都指挥使司”
，下设若干行都指挥使司、万户府、千户所、百户所等。
洪武八年于阿里地区再置“俄力思军民元帅府”
。
各级官吏的官阶品第由明中央统一规定，颁给印信、号纸，令其“绥镇一方，安辑众庶”
，并直接向明中央负责，事无大小，均可启奏“大明文殊皇帝”
。
明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。
最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止贡、嘉玛等故元万户府首领为乌思藏的行都指挥使或都指挥佥事等职，对帕木竹巴家臣中的内邬宗、桑珠孜宗的宗本则称为寨官。
后来在了解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。
明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
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明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。
当时藏传佛教在西藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。
明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”
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